Marmalade Boy cuenta la historia de Miki Koishikawa, una estudiante cuyos padres se divorcian y deciden hacer un "intercambio de pareja" con otro matrimonio que conocieron en un viaje, los Matsuura, y vivir todos juntos en la misma casa, con sus respectivos hijos, Miki (nuestra protagonista) y Yuu (el atractivo hijo de los Matsuura). Al principio a Miki esta nueva situación le parece rarísima y no le gusta nada, y para rematarlo no se lleva muy bien con el hijo de los Matsuura, quien se matricula en su mismo instituto. Pero poco a poco empezará a sentirse atraida por Yuu... Así empieza la trama, a la que se añaden secundarios como Meiko (la mejor amiga de Miki), Ginta (compañero de instituto y del club de tenis de Miki que está enamorado de ella) o Arimi (ex-novia de Yuu, que todavía está interesada en él), entre otros.
